在FGD系统中，烟气中的大部分SO2和部分O2被吸收进入浆液。在石灰石一石膏脱硫工艺中每吸收1mol SO2，理论上要消耗1mol CaCO2产生1mol CO2进入烟气中。一个脱硫率为的FGD系统，基本上也应能脱除烟气中几乎全部的HCl和HF。由烟气带入FGD系统的氯化物会影响脱硫效率、石灰石的溶解和蚀材料的选择。入口烟气中的NO通常不被吸收而透过FGD系统，NO2仅少部分被吸收。

入口烟气中通常含有少量气态硫酸，气态硫酸浓度大约是SO2度为0.5%～1%，当烟气被冷却时，气态HSO。凝结成亚微米大小的气胶酸雾。一般吸收塔仅能除去约50%的这种酸雾，剩余的酸雾进入吸收塔下游侧的设备中将造成酸腐蚀，zui后从烟囱排出的酸雾以及其他颗粒物由于对光的散射，使烟气形成一种看得见的白色烟流目前控制这种酸雾的方法主要是，向炉内或烟道中喷入吸收剂减少酸雾的形成；另一种方法是通过与吸收塔一体化的湿式ESP来除去。